熊猫星球正值百年庆典之际，全体熊猫们沉浸在欢乐的海洋之中，就在此时，邪恶的鼠司令向熊猫星球发起了进攻，将所有的熊猫都变成了小丑。太空熊猫（易小寅 饰）和它的好友们侥幸逃过一劫，一行人来到了位于熊猫星球地下的秘密基地之中。
为了拯救熊猫一族，太空熊猫需要找到失传多年的秘密神器，与此同时，鼠司令亦在寻找神器，它想要利用神器的力量获得统一宇宙的无上权力。两方人马展开了对于神器的你争我夺，鼠司令生来阴险狡诈，正直勇敢的宇宙熊猫该怎样面对它所使出的重重诡计呢？时间在一分一秒的流逝着，太空熊猫的复国大业最终能否顺利完成？